Según un medio de comunicación, de un tiempo demasiado corto hacia el presente en México se ha registrado un total de 16 plagas que marcan la economía de los pequeños productores, pues la irregularidad en el cafeto, marcan enormemente la calidad del grano de café.

Un factor que ayuda a que las plagas dañen y afecten los cafetos, es el cambio climático que las zonas cafetaleras pueden sufrir, este aporta a las plagas mayor agresividad y oposición.

Entre las principales enfermedades que afectan el país están: La Roya; la broca del fruto; el minador de la hoja; piojo harinoso del follaje y de la raíz; barrenador del tallo y araña roja.

En Chiapas, durante los últimos años, se ha apuntado afectaciones de plaga de Roya, esto significa multiplicar el trabajo de los productores para la conservación de los cultivos.