Según periodistas, debido a diferentes causas pueden ocurrir lesiones en la planta del café como una herida o hematoma, afectando tanto el desarrollo de la planta como su producción y la calidad del café que se produzca. Pueden ocurrir en sus raíces, ramas, tallo, flores y frutos. Las causas de las lesiones en los cafetos pueden ser de naturaleza biótica (como plagas y enfermedad es), o abióticos (por factores físicos o mecánicos, factores climáticos, factores químicos y nutricionales). Pueden ser de tipo necrótico (caries tisular), plesionecróticos (debilidad tisular) o no necrótico (cambio en el color del tejido).

Las lesiones pueden ocurrir de la siguiente manera:

• En las raíces: nematodos, cochinillas, moscas de la raíz, hedor marrón y Migdolus como plagas. Roseliniosis y fusariosis como enfermedades. Exceso de humedad, daño mecánico y físico (ardor).
• En las ramas y tronco: causadas por perforadores de ramas, insectos escamosos, ratas, esperanza, oruga de hilo y ovejas como plagas. Rizoctoniosis, fusariosis, leprosis, Phoma y Pseudomonas como enfermedades. Efectos del calor, frío, rayos, viento, granizo o por la cosechadora y la quema por fertilizantes y pesticidas.
• En las hojas: causadas por insectos mineros, ácaros rojos, orugas y escarabajos (ovejas) como plagas. Óxido, cercosporiosis, leprosis, Phoma/Ascochyta, Pseudomonas, mariposas y manchas americanas como enfermedades. Deficiencias nutricionales (K, P, B y Mg) y el efecto del calor (escaldado), frío y seco.
• En el fruto: causada por el barrenador, mosca de la fruta, ácaros y gusanos de la madera. Cercosporiosis, Phoma, Colletotrichum, leprosis y rosado como enfermedades.